Giá trị của Chùa Tri Chỉ tiếp tục được Nhà nước và cộng đồng quan tâm bảo tồn. Năm 2020, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đã thẩm định dự án tu bổ, tôn tạo chùa, trong đó yêu cầu việc can thiệp vào di tích phải có căn cứ, giữ gìn giá trị kiến trúc và có sự thống nhất của nhà chùa, nhân dân địa phương.
Theo báo cáo của UBND xã Phượng Dực, năm 2025 công trình tu bổ, tôn tạo Chùa Tri Chỉ đã hoàn thành thi công, nghiệm thu và bàn giao đưa vào sử dụng. Đây là bước quan trọng để di tích tiếp tục phục vụ đời sống tín ngưỡng, đồng thời tạo điều kiện phát huy giá trị trong giáo dục truyền thống và giới thiệu văn hóa địa phương.
Ngày nay, đến với Chùa Tri Chỉ là đến với nhiều lớp ký ức cùng hiện diện: ký ức về vùng đồng chiêm trũng; câu chuyện những mục đồng nặn tượng Phật; sự đồng lòng của sáu giáp hợp ba ngôi chùa thành một; dấu ấn của các bậc cao tăng và những năm tháng chiến tranh. Chính những lớp văn hóa ấy làm cho ngôi chùa có giá trị vượt ra ngoài một công trình thờ tự.
Chùa Tri Chỉ có thể được xem như một biểu tượng của tinh thần đoàn kết, lòng hướng thiện và sức sống bền bỉ của cộng đồng làng quê. Qua hơn một thế kỷ kể từ lần đại dựng đầu thế kỷ XX, mái chùa vẫn là nơi người dân Tri Chỉ tìm về cội nguồn, gìn giữ đạo lý, trao truyền ký ức và bồi đắp tình quê. Đó cũng chính là hình ảnh đẹp về con người Tri Chỉ – mộc mạc, nghĩa tình, gắn bó cộng đồng và trân trọng những di sản cha ông để lại.